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美國總統遭到神祕刺殺後，X教授的訓練學校被史提克將軍下令突擊，並逮捕數名學生。史提克將軍的意圖令X教授感到困擾，加上一種會令變種人致命的全新病毒被人類研發出來，引爆兩族群間的仇恨與戰火。邪惡變種人領袖萬磁王，為完成終極的報復行動，為維繫變種人的生存，決定向X教授投誠。面對人類與變種人之間的宿怨與仇恨，一場終難避免的大戰即將開打了…...

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